Il cioccolato di Modica si ottiene da una particolare lavorazione "a freddo" del cioccolato che esclude la fase del concaggio.
Durante l'invasione spagnola in Sicilia nel XVI secolo tale lavorazione fu introdotta nella Contea di Modica, a quel tempo il più importante stato feudale del sud Italia, dotato di autonomia amministrativa. Gli spagnoli, a loro volta, l'avrebbero importata dopo la conquista del Mexico. Attualmente non esistono più tracce di questo tipo di lavorazione nè in Spagna nè in America. Storicamente si è tramandato come un dolce tipico delle famiglie nobili che durante le occasioni importanti lo preparavano in casa. Si è tramandato così fino ai giorni nostri poi è diventato un prodotto dolciario di fama internazionale.
La massa di cacao, ottenuta dai semi tostati e macinati (detti localmente caracca, provengono da Sao Tomè in Africa) e non privata del burro di cacao in essa contenuta, viene riscaldata per renderla fluida. Ad una temperatura non superiore a 40 gradi centigradi viene mescolata a zucchero semolato o di canna, e spezie come cannella, vaniglia o peperoncino, oppure con scorze di limoni o arancia. Il cioccolato rimane comunque con elevate percentuali di cacao, minimo 65%, anche nelle versioni "classiche" fino ad arrivare alle versioni purissime con 90% di cacao.
Nella lavorazione a mano la massa veniva deposta su uno spianatoio a mezzaluna, detto la valata ra ciucculatta, costruito interamente in pietra lavica e già riscaldato, e poi veniva amalgamata con il pistuni, speciale mattarello cilindrico di pietra, di diverso peso e spessore in rapporto alle fasi di lavorazione e cioè la prima, la seconda e la terza passata, fino alla raffinazione che prendeva il nome di stricata. In molti laboratori oggi queste fasi di lavorazione sono effettuate da più moderne temperatrici.
Il composto viene sempre mantenuto ad una temperatura massima di 35-40 gradi centigradi che non fa sciogliere i cristalli di zucchero che rimangono integri all'interno della pasta. Ancora pastoso, viene versato in apposite lanni (formelle di latta a forma rettangolare) che vengono battute sia perché abbia, una volta solidificato e freddo, la forma del suo contenitore sia per far venire in superficie eventuali bolle di aria e rendere il prodotto compatto. La barretta di cioccolato ottenuta è lucida con delle scanalature, a volte più opaca, ha un colore nero scuro con riflessi bruni, una consistenza granulosa e un po' grezza.
La forza del prodotto consite nella semplicità della lavorazione e nella assenza di burro o di altre sostanze estranee (grassi vegetali, latte, lecitina).
