Si ha ragione di credere che Arzachena registri la sua nascita già in epoca preistorica anche se le prime notizie su questo centro abitato risalgono all'età pre-romanica. In età romana si chiamava Turublum Minor (o Minus) pochissime notizie ci sono tramandate. Il piccolo borgo trasformò il suo nome in Arsaquena o Arsaquen nell'età dei giudicati, quando contava 100/150 abitanti. Il Trecento fu un secolo durissimo per il paese che vide lo sbarco degli aragonesi e le guerre contro i giudici di Arborea, cinque epidemie di peste, la malaria e le invasioni barbariche.
Nel 1500 Arsaquena, capitale della curatoria medievale di Unale, era quasi completamente priva di abitanti soprattutto a causa della terribile pestilenza del 1375-1376.
Tutta la fascia della Gallura costiera rimase semi-deserta per alcuni secoli.
Soltanto all'inizio del Settecento cominciò il ripopolamento grazie alla nascita degli 'stazzi', insediamenti di campagna paragonabili alle moderne fattorie, dove le famiglie vivevano dedite all'allevamento e alla coltivazione dei campi.
Arzachena nasce effettivamente nel 1716 come un piccolo agglomerato di case intorno alla piccola chiesa di Santa Maria di Arzaghena. La piccola frazione fu voluta dal governo sabaudo che tentava in questo modo il ripopolamento della Gallura e la sottomissione dei galluresi.
A cavallo tra il 1774 e il 1776 la chiesa principale del paese cambiò nome e divenne Santa Maria Maggiore, intorno alla quale il paese cominciò ad espandersi.
Verso la fine dell'Ottocento Arzachena comincia a crescere anche dal punto di vista economico ma questa sua espansione è molto limitata dall'isolamento: Tempio Pausania, il suo capoluogo, dista ben 42 km e Terranova (Olbia) e Palau non erano raggiungibili agevolmente. Per complicare le cose il porto più vicino era quello de La Maddalena.
Il 1909 per Arzachena (che conta già 853 abitanti!) è l'anno della svolta, infatti si costituisce il Comitato pro-autonomia (da Tempio Pausania) guidato dal giovane maestro elementare Michele Ruzittu e animato dagli arzachenesi più ricchi e più in vista: proprietari di terre, imprenditori agricoli, commercianti di esportazione, negozianti ed artigiani.
L'autonomia arriverà soltanto il 4 febbraio 1922 dopo 13 anni di durissime lotte; il nuovo comune presenta una superficie di circa 24 mila ettari e una popolazione di quasi tre mila abitanti.
Nel 1920 per varie vicende anche burocratiche il nome del paese muta da Arzaghena nell'attuale 'Arzachena'.
L'autonomia del comune è un caso unico perché si realizza in pieno periodo fascista, quando le tendenze di autogoverno erano solo un'utopia e l'autorità centrale tendeva a rafforzarsi sempre di più. Anche il 1926 è un anno importante poiché viene costruita la strada Olbia-Palau che supera il mitico isolamento della Gallura rispetto al resto dell'isola e al 'Continente'.
Enogastronomia ' La suppa (la zuppa): il piatto più importante in occasioni di nozze e feste principali, continua ad essere primo anche in ristoranti di prestigio. Li chjiusoni (gli gnocchi): L'usanza di questo piatto per il primo agosto ha significato rituale: le anime dei defunti passano per le vie del paese; sulle finestre e piccole alture si depone per loro un piatto di gnocchi con una bottiglia di vino. Li pulicioni (i ravioli): in Gallura al ripieno di ricotta, uova e limone viene aggiunto lo zucchero, in proporzione - si diceva - al censo familiari. Fascioli e  taddarini (zuppa di fagioli), Risu cu li pulpeddi (riso con polpa di salsiccia). Secondi piatti La rivea: coratella alto spiedo. La colda: la coratella al tegame. Lu cascjufurriatu: formaggio fuso con miele o zucchero. La mazza frissa: panna e farina con miele o zucchero. Pane - Lu  pani budditu: pane bollito con pasta elaborate e forme decorative. Dolci - Lu pani e sabba: dolce tipico per Ognissanti. Li papassini: dolce natalizio. Li cucciuleddi: con miele o con saba. Li niuleddi: con miele, mandorle e pasta tostata. L'acciuleddi: dolce carnevalesco, pasta dolce fritta con miele. Li friscioli longhi: è insieme  primo, secondo e dolce carnevalesco. Li casciatini (le formaggelle): dolce di pasqua. L'uciatini: utilizza i residui della lavorazione dello strutto. Ociu di Listincu: olio di lentisco. Vermentino di Capichera: vino d.o.c.g.