L'Abbazia di Farneta (da "farnia" o quercia gentile) fu fondata prima del mille dai Monaci Benedettini. 

Come molte delle Chiese più antiche della Cristianità anche l'Abbazia di Farneta fu consacrata alla Madonna dell'Assunta. 

Nel cinquecento, dopo la sciagurata parentesi degli Abati Commendatari che provocarono la partenza dei Benedettini, l'Abbazia di Farneta passò sotto i Monaci Olivetani di Monte Oliveto Maggiore e dal 1780 ai Preti secolari della Diocesi di Cortona. 

La Chiesa preromanica ha la forma a tau (T), croce latina senza il capo, ed è orientata con le absidi rivolte ad Oriente (ossia ove sorge il Sole, la Luce ... il Redentore). 

L'Abbazia ha subito molte "mutilazioni". Nel duecento furono chiuse alcune cappelle laterali.  Alla fine del settecento fu abbattuta di circa la metà (14 metri) la navata longitudinale.  Ai primi dell'ottocento fu abbattuta la torre campanaria, sostituita oggi con due campane a vela. 

Nel 1923 fu abbattuto il transetto e la struttura absidale combaciante con la sottostante struttura della Cripta. 

C'è veramente da rimanere stupiti nel vedere che dopo tali e tanti scempi l'Abbazia di Farneta sia ancora tanto bella. 

La visita all'Abbazia di Farneta inizia dal gruppo Fonte battesimale in pietra arenaria del 1712 e la Pila acquasantiera, sempre in pietra arenaria e con l'originale forma di conchiglia, seicentesca. 

La tela con il battesimo di Gesù fu dipinta da D. Martini nel 1893. Nella zona destra del transetto si trovano tre affreschi attualmente in mediocri condizioni di conservazione. 

Il principale è la Madonna di Loreto con i santi Rocco e Sebastiano dipinto nel febbraio 1527 dal cortonese Tommaso Bernabei 

Il secondo affresco rappresenta Santa Lucia Vergine e Martire protettrice della vista.

Il terzo affresco San Pietro Martire (il primo Frate Domenicano martirizzato a Seveso e sepolto in Sant'Eustorgio a Milano) 

Ma la vera perla dell'Abbazia di Farneta è la cripta. La cripta dell'Abbazia di Farneta venne riportata alla luce (dopo oltre 350 anni) il 29 febbraio 1940, liberandola dei morti accatastati, dalla terra e dai detriti e ... da un'infinità di serpenti. 

L'ingresso alla cripta dell'Abbazia di Farneta avviene attraverso una stretta scala sita lateralmente nel transetto destro. 

L'uscita della cripta porta nella sagrestia ove si possono vedere diverse pietre con iscrizioni millenarie (Abate Ado A.D. 1100). 

La forma della cripta è a celle tricore, con volte a botte ed a crociera, sorrette da colonne originali romane di cui una in granito rosa di Assuan. 

Da cercare sono la stele funeraria in arenaria con la scritta "Quarta Erennia figlia del liberto Pompeo" e la scultura di Achelòo (una testa di toro con faccia).